Tujuan yang hendak dicapai oleh SMA Muhammadiyah Tenggarong antara lain:
- Mempersiapkan peserta didik yang bertaqwa kepada Allah SWT. dan berakhlak mulia serta berkarakter kuat dan
- Mewujudkan tujuan pendidikan Nasional dan Muhammadiyah
- Meningkatkan lulusan melebihi standard kelulusan Nasional
- Terbinanya peserta didik yang memiliki disiplin tinggi dalam beribadah, belajar serta bersih lahir batin dengan semangat cinta Ilmu dan siap berkompetisi dalam meraih prestasi.
- Terwujudnya suasana belajar yang kondusif, mandiri dan siap bersaing dalam melanjutkan pendidikannya kejenjang yang lebih tinggi.
- Meningkatnya pencapaian pembelajaran yang efektif, inovatif melalui pengembangan bahan ajar serta media pembelajaran dalam rangka meningkatkan prestasi akademik dan non akademik.
- Meningkatkan penguasaan teknologi informasi dalam pengembangan pelayanan administrasi sekolah, perpustakaan dan media pembelajaran berbasis TIK
- Membekali siswa dengan soft skill kewirausahaan.
- Membudayakan belajar mandiri, berfikir kritis, kreatif, inovatif, dan produktif.
- Meningkatkan kemampuan peserta didik dalam memecahkan masalah secara efektif;
- Melaksanakan program kerja sekolah sesuai dengan jadwal yang direncanakan dengan anggaran yang telah ditetapkan.
- Mengimplementasikan penyelenggaraan pendidikan yang inklusif.